Les principales villes (agglomérations) du Japon classées en ordre décroissant d’habitants sont (chiffres de 2005)[6] :
* Tōkyō : 12,7 millions pour la préfecture dont 8,3 millions pour les vingt-trois arrondissements spéciaux[7]
* Yokohama : 3,6 millions
* Ōsaka : 2,6 millions
* Nagoya : 2,2 millions
* Sapporo : 1,9 million
* Kōbe : 1,5 million
* Kyōto : 1,5 million
* Fukuoka : 1,4 million
* Kawasaki : 1,3 million
* Saitama : 1,2 million
* Hiroshima : 1,1 million
* Sendai : 1 million
L'agglomération de Tōkyō, englobant entre autres Yokohama, Kawasaki et Saitama est, avec plus de 33 millions d’habitants[8], la plus peuplée du monde.