En japonais, « Japon » (日本) se dit Nihon (ou plus rarement Nippon), ou dans les documents administratifs Nipponkoku (日本国) prononcé plus rarement Nihonkoku.
Le nom 日本 veut dire « origine du soleil ». En effet, 日 signifie soleil et 本 signifie origine ou racine. On peut donc donner comme signification à ce nom « le pays du soleil levant ». C’est lors des premiers échanges commerciaux avec la Chine (traditionnellement par le biais d’une lettre du prince régent Shōtoku) que cette appellation, logique du point de vue du voisin occidental chinois, fut introduite, alors que les Japonais de l’époque désignaient leur pays sous le nom de Yamato. D’abord prononcé Hi-no-moto, il lui fut préféré, à partir de l’époque de Nara (VIIIe siècle) les prononciations Nihon ou Nippon, appellations encore en usage de nos jours.
Le nom japonais Nippon est utilisé sur les timbres, les billets de banque, et pour les événements sportifs internationaux, alors que Nihon est utilisé plus fréquemment dans la vie quotidienne. Nippon peut faire aussi référence à l'empire du Japon et donc à l'idéologie nationaliste de l'ère Shōwa. Yamato (大和) est le nom que l’on donne à la période historique allant de 250 à 710. C’est en fait le nom de la première structure impériale connue qui exerçait son pouvoir autour de Nara (奈良) aux environs du Ve siècle. Aujourd’hui, on trouve toujours le mot Yamato dans des expressions telles que Yamatodamashii (大和魂, « l’esprit japonais »).
Le nom français Japon est issu de l’anglais Japan. Ce terme viendrait très certainement de la prononciation chinoise de 日本 (rìbĕn [ʐ̩˥˩.pən˨˩˦] en mandarin d’aujourd’hui).
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